ქართული მეცნიერებისა და კულტურისათვის უმნიშვნელოვანეს თარიღს წარმოადგენს 1958 წლის 30 ივნისი, როდესაც საქართველოს სსრ მეცნიერებათა აკადემიის პრეზიდიუმის დადგენილებით საქართველოს სახელმწიფო მუზეუმის ხელნაწერთა განყოფილების ბაზაზე შეიქმნა მეცნიერებათა აკადემიის დაქვემდებარებაში მყოფი სამეცნიერო ინსტიტუტი. მაშინვე გადაწყდა ინსტიტუტისთვის შენობის აგება. მშენებლობა დასრულდა 1965 წელს. 1962 წლიდან 2006 წლამდე ინსტიტუტი ატარებდა აკადემიკოს კორნელი კეკელიძის სახელს. 

2006 წელს, ინსტიტუტის ხელნაწერთა ეროვნულ ცენტრად გარდაქმნის შემდეგ, მას ეს სახელი ჩამოშორდა, ხოლო 2015 წელს კვლავ აღუდგა. დღეისათვის ამ დაწესებულების სახელწოდებაა: კორნელი კეკელიძის სახელობის საქართველოს ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრი.

1958-1966 წწ. ინსტიტუტს ხელმძღვანელობდა მისი დამაარსებელი ილია აბულაძე; 1966-1988 წლებში ინსტიტუტის დირექტორი იყო აკად. ელენე მეტრეველი; 1988-2006 წწ. აკად. ზაზა ალექსიძე; 2006-2015 წწ. ინსტიტუტის ბაზაზე შექმნილ ხელნაწერთა ეროვნულ ცენტრს ხელმძღვანელობდა ბუბა კუდავა; 2015 წლიდან ცენტრის დირექტორია ზაზა აბაშიძე.

2006 წლიდან ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრი გამოვიდა საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის შემადგენლობიდან და დღეს, როგორც საჯარო სამართლის იურიდიული პირი (სსიპ), ექვემდებარება საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროს.

ცენტრის ორი უმთავრესი მიმართულებაა ხელნაწერების დაცვა-აღრიცხვა და მათი მეცნიერული კვლევა. არანაკლებ მნიშვნელოვანი სფეროა ცენტრში დაცული უნიკალური მასალის პოპულარიზაცია და მისი გამოყენება საგანმანათლებლო-შემეცნებითი მიზნით, საზოგადოების ფართო ფენების, მათ შორის, უცხოელების დაინტერესება ქართული ხელნაწერი კოლექციით.

ხელნაწერთა დაცვის საქმეს ემსახურება ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრის ხელნაწერ სიძველეთა დაცვისა და აღრიცხვის დეპარტამენტი, რომელშიც შედის ჰიგიენის, რესტავრაციისა და კონსერვაციის ლაბორატორია.

ცენტრის სამეცნიერო სექტორი აერთიანებს ექვს სამეცნიერო განყოფილებას: 1. კოდიკოლოგია-ტექსტოლოგიის; 2. აღმოსავლური და სომხური ხელნაწერების; 3. წყაროთმცოდნეობისა და დიპლომატიკის; 4. სამეცნიერო ბიბლიოგრაფიის, ტერმინოლოგიისა და საცნობარო ლიტერატურის; 5. არქივთმცოდნეობის და ელექტრონული არქივის; 6. ხელოვნებათმცოდნეობის.

ცენტრის სამეცნიერო მუშაობას კოორდინაციას უწევს სამეცნიერო საბჭო.

დღიდან დაარსებისა მკითხველებს ემსახურება ცენტრის ბიბლიოთეკა, რომელიც მუდმივად ივსება ახალი გამოცემებით, მათ შორის, უცხოეთის ქართველოლოგიური თუ სხვადასხვა სამეცნიერო ცენტრიდან გამოგზავნილი სამეცნიერო ნაშრომებით. ამ სისტემაში გაერთიანებებულია, ასევე,

გამოჩენილი მეცნიერების მემორიალური კაბინეტები, რომლებსაც სამუზეუმო ფუნქციაც აქვთ.

ცენტრში მოქმედი დიგიტალიზაციის განყოფილება მიზნად ისახავს ცენტრის ხელნაწერი წიგნებისა და ისტორიული დოკუმენტების ციფრული ვერსიების შექმნას, რათა, ერთი მხრივ, ციფრული ვერსიის სახით იყოს დაცული ეროვნული საგანძური, ხოლო, მეორე მხრივ, მკითხველმა იმუშაოს ხელნაწერის ციფრულ ვერსიაზე და დედანი დაზღვეული იყოს დაზიანებისაგან.

ცენტრის ერთ-ერთი უმთავრესი დანიშნულებაა სამეცნიერო-კვლევითი მუშაობა, შესაბამისად, დიდი მნიშვნელობა ენიჭება სამეცნიერო კვლევის შედეგების გამოქვეყნებას. ცენტრის თანამშრომელთა მიერ წლების განმავლობაში გამოქვეყნებულია ასეულობით წიგნი, აღწერილობები, კატალოგები, ალბომები, სამეცნიერო მონოგრაფიები, აგრეთვე, ღია ბარათები და ბუკლეტები. ცენტრის მთავარი ბეჭდვითი ორგანოა ისტორიულ-ფილოლოგიური კრებული „მრავალთავი“ (გამოცემულია 25 ტომი). პუბლიკაციების გამოცემას უზრუნველყოფს ცენტრის საგამომცემლო სამსახური.

კორნელი კეკელიძის სახელობის საქართველოს ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრის ერთ-ერთი პრიორიტეტული მიმართულებაა საერთაშორისო კონტაქტების გაღრმავება, სამეცნიერო თანამშრომლობის გააქტიურება, პერსპექტიული საგანმანათლებლო პროექტების შექმნა, სეზონური სკოლების და საკვალიფიკაციო კურსების ჩატარება და საზოგადოების ინფორმირება ცენტრში განხორციელებული მუშაობისა და განვითარების გეგმების შესახებ. ამ სფეროს ცენტრში კურირებს სამეცნიერო თანამშრომლობის, პროექტებისა და საზოგადოებასთან ურთიერთობის დეპარტამენტი.

რამდენიმე წლის წინ ცალკე ერთეულად გამოიყო განათლებისა და გამოფენების განყოფილება. მისი მიზანია, ცენტრში დაცული მასალის დიგიტალური ასლების, მულაჟების თუ საარქივო მასალის ექსპონირება, ლექციების ჩატარება, საგანმანათლებლო და სასწავლო პროექტების ხელშეწყობა, ახალგაზრდობის მოზიდვა, საშუალო სკოლებთან ურთიერთობის დამყარება და მათი ჩართვა ცენტრის პროექტებში. ამ საქმეს ემსახურება, აგრეთვე, ცენტრში არსებული ილია აბულაძის სახელობის საგამოფენო დარბაზი, სადაც გამოფენილია განსაკუთრებული მნიშვნელობის მქონე ხელნაწერი წიგნების და დოკუმენტების ასლები.